南通大学审计处设立于 2004 年 10 月，是校内独立设置的中层行政机构 , 隶属于学校行政领导。学校审计处依据教育审计法规和学校规章制度，对学校及其所属单位和部门的财务收支、内部管理控制及有关经济活动进行内部审计监督，独立行使审计监督权。审计工作对校长负责并向主管领导报告工作，同时接受上级主管部门内审机构及地方审计机关的指导和监督。
南通大学审计处现有审计人员7人，其中高级职称4人。南通大学审计处设立时间虽短，但依托原南通医学院、南通工学院和南通师范学院内部审计良好的工作环境和扎实的工作基础，审计工作在新的起点上将更加科学、规范和高效，为学校教育教学事业稳定、快速、健康发展，提高办学效益提供高质量的服务。